Was mir bei Dir sofort (und zwar ehrlich gesagt sehr sehr negativ) auffällt: MacBook für round about 3000 €, Soundkarte und Controller aber (in Relation dazu) absolute Sparbrötchen und recht veraltet.
Die Hersteller von teureren, qualitativ höherwertigen Soundkarten & Controllern stecken nämlich (und das sieht man beim Blick auf die reinen technischen Daten nicht) eine Menge Erfahrung und KnowHow in diverse technische Maßnahmen um die Geräte langlebiger und vor allem zuverlässiger zu machen. So verfügen bessere externe Soundkarten (z.B. die von Rane) über eine galvanische Trennung des USB-Anschlusses um zu verhindern daß z.B. Störimpulse aus der (Club-) Elektrik über die Cinch-Anschlusse zum Notebook gelangen und für einen Absturz sorgen.
Und wenn Du Dir mal die Mühe machen würdest ein bisschen in den diversen DJ-Foren und Herstellerseiten die Beiträge zu lesen daß gerade bei El Capitan massive Probleme mit der Audio-Verarbeitung auftreten und im Grunde jeder davor warnt DJing oder Producing unter El Capitan zu betreiben. Auch Yosemite ist nicht so ganz clean in dieser Hinsicht.
Fazit - mein Tipp: Kaufe Dir eine vernünftige Soundkarte mit galvanischer Trennung (IIRC haben das schon manche Focusrite-Modelle) und gehe mit dem OS X soweit zurück wie irgend möglich - 10.9 oder 10.8. Ich bin mir sehr sicher daß Deine Probleme dann bald nur noch eine böse Erinnerung von gestern sein werden... 