Wenn Du sie in RB verwaltest, kannst Du sie dort ganz normal abspielen, CUEs setzen, siehst die Waveform usw. usf.?
Falls ja, liegt das Problem IMHO woanders - ich selber habe definitiv ein paar .m4a in meiner Playlist und keine Probleme damit (XDJ-RX1 / CDJ 2000 alle Versionen / CDJ 3000). Wenn sie nicht einmal in der Playlist auftauchen hast Du definitiv ein ganz anderes Problem...